バイオインフォマティクスの備忘録

生命科学系の大学院生。ただの備忘録。質問やご指摘は随時受け付けております。

fastpを用いたアダプタートリミングとクオリティコントロール

fastp fastpは、アダプタートリミングとクオリティコントロールを同時に行う、高速なNGSデータ前処理パイプラインである。 fastqファイルに対応しており、fq.gzでもランが可能。 詳しくはfastpのgithubを参照 インストール condaによるインストールがシンプ…

cutadaptを用いたアダプター配列のトリミング

cutadapt cutadapt はpythonで書かれたハイスループットシーケンシングリードからアダプター配列、プライマー、ポリA テールおよびその他のタイプの不要なシーケンスを検出して削除するプログラムである。 詳しくはこちらを参照 インストール condaによるイ…